Здравствуйте Валерий. Все, что Вы написали у меня и так установлено, скрытые папки и файлы показаны, системные файлы не скрыты. на диске «Д» в свйоствах занято 45,5 Гб, а при выделении всех файлов только 33,1 Гб.
Раз получилась такая большая разница, то есть вероятность что проблема в файловой системе.
Проверьте этот диск.
Откройте папку Мой компьютер, кликните правой клавишей по имени диска и выберите свойства.
Кликните по вкладке Сервис, и по кнопке Выполнить проверку.
Кликните по кнопке Запуск.